Cours de mobilisation des données sur la biodiversité

Documents clés

Les références suivantes fournissent plus de détails sur les sujets abordés dans ce cours. Tous les liens s’ouvrent dans une nouvelle fenêtre/onglet.

Darwin Core

Publication de données

Guide rapide pour publier des données via GBIF
Comment publier des données sur la biodiversité via GBIF.org
Devenir un éditeur de données avec GBIF
Best Practices for Publishing Biodiversity Data from Environmental Impact Assessments
GBIF Secretariat & IAIA: International Association for Impact Assessment (2020).
Guidance for private companies to become data publishers through GBIF: Template document to support the internal authorization process to become a GBIF publisher
Rui Figueira, Pedro Beja, Cristina Villaverde, Miguel Vega, Katia Cezón, Tainan Messina, Anne-Sophie Archambeau, Rukaya Johaadien, Dag Endresen & Dairo Escobar (2020).
Publishing DNA-derived data through biodiversity data platforms
Anders F. Andersson, Andrew Bissett, Anders G. Finstad, Frode Fossøy, Marie Grosjean, Michael Hope, Thomas S. Jeppesen, Urmas Kõljalg, Daniel Lundin, R. Henrik Nilsson, Maria Prager, Cecilie Svenningsen & Dmitry Schigel (2020).
Les différents types de jeu de données
Pré-requis GBIF sur la qualité des données pour la publication
Licences de données GBIF
Fichiers modèles pour les listes taxonomiques
Fichiers modèles pour les listes d’occurrences
Fichiers modèles pour les événements d’échantillonnage
Bonnes pratiques pour les événements d’échantillonnage
Partager des images, sons et vidéos sur GBIF
Data papers
Data papers publiés

Publication de données : IPT

La numérisation

GBIF

Qu’est-ce que le GBIF
Plan stratégique
Devenir membre
Revue Scientifique
Establishing an Effective GBIF Participant Node: Concepts and general considerations
GBIF Secretariat (2019).

Géoréférencement

Georeferencing Best Practices
Arthur D. Chapman & John R. Wieczorek (2020).
Georeferencing Quick Reference Guide
Paula F. Zermoglio, Arthur D. Chapman, John R. Wieczorek, Maria Celeste Luna & David A. Bloom (2020).
Georeferencing Calculator Manual
David A. Bloom, John R. Wieczorek & Paula F. Zermoglio (2020).
Ressources de Géoréférencement

Espèces invasives

Living Atlases

Divers

OpenRefine

Documentation d’OpenRefine
Les expressions régulières d’OpenRefine
Guía para la limpieza de datos sobre biodiversidad con OpenRefine
Paula F. Zermoglio, Camila A. Plata Corredor, John R. Wieczorek, Ricardo Ortiz Gallego & Leonardo Buitrago (2021).
Using Google Refine and taxonomic databases (EOL, NCBI, uBio, WORMS) to clean messy data
iPhylo blog post. Rod Page 2012.
Reconciling author names using Open Refine and VIAF
iPhylo blog post. Rod Page 2013.
Validating scientific names with the GBIF Portal web service API
Guest post was written by Gaurav Vaidya, Victoria Tersigni and Robert Guralnick 2013.
iDigBio Cleaning data with OpenRefine
iDigBio 2013.
Have We Got the Names “Right”?
Canadensys 2014.
Cleaning data with OpenRefine
Desmet and Brosens 2016 TDWG.
EasyOpen Redlist
Querying the IUCN Red List, using a species list, OpenRefine, and some pre-written code. Olly Griffin July 2019.

Planification/Collaboration

Qualité

Principles of Data Quality
Arthur Chapman 2005.
Principles and Methods of Data Cleaning: Primary Species and Species-Occurrence Data
Arthur Chapman 2005.
Be careful with dates in Excel
DataOne 2014.
Encodage de caractères pour les débutants
Guide MVZ d’enregistrement des localités dans les notes de terrain

Espèces sensibles

Current Best Practices for Generalizing Sensitive Species Occurrence Data
Arthur D. Chapman 2020.

Taxonomie